перевірка, яким пристроєм зареєструвалася флешка, і вибір розділу (якщо їх там декілька):
fdisk -l
за потреби — відмонтувати розділ (для прикладу взяв sdb1):
umount /dev/sdb1
форматування (тут Linux — просто мітка розділу):
sudo mkfs.exfat -n Linux /dev/sdb1
має бути готово. але краще перевірити; дивно, але сам fdisk показує exfat як fat32 — тому краще тим же gparted'ом.